近日，美国约翰霍普金斯大学的一个研究小组与生命科技公司（Life Technologies）合作，开发出一种测序方法，来寻找肿瘤中的重排。研究人员利用患者的血液，鉴定出可用于后续癌症追踪的生物标志物。该成果发表在近日的《Science Translational Medicine》杂志上。

       该方法名为个性化重排末端分析（personalized analysis of rearranged ends），简称为PARE。它利用大规模并行测序来发现实体瘤中的易位和重排。在一些乳腺癌和结肠直肠癌中找到这些重排之后，研究人员在一位结肠直肠癌患者中使用PARE来追踪癌症治疗的反应、复发和转移。

       新方法来源于过去研究人员试图找到癌症中的复发重排。这些突变常常很难找到，或根本无法找到。然而，研究人员注意到大部分肿瘤确实含有重排，但每个个体中重排的位置各异，这让它们成为良好的候选标志物。

       约翰霍普金斯大学肿瘤学研究人员Victor Velculescu及同事利用ABI的SOLiD系统对四组配对的肿瘤-正常样本进行了测序，以寻找重排，其中两个患有结肠癌，另两个患有乳腺癌。

       在将每个样本的约4000万个对读序列读取与人类参考基因组比对之后，研究小组筛选序列，寻找重排标记，如拷贝数改变或对读标签定位在基因组上不同区域的情况。他们平均在每个肿瘤中发现了14个重排。其中，大约一半是染色体内部重排，另一半是染色体间的。之后，他们又增加了两个结肠直肠肿瘤样本，发现每个肿瘤的重排数在4到15不等。

       他们随后设计了对应肿瘤序列中重排断点的引物，并研究了当肿瘤DNA被正常DNA稀释后，是否能检测这些序列。研究人员报道，即使被39万个基因组的正常拷贝所包围，他们也能检测到那一个癌症基因组。

       通过检测结肠直肠癌患者手术前后的血液样本，研究小组能够追踪个体的治疗。手术之前，患者血液样本的DNA含有染色体4-染色体8的融合。手术之后，DNA融合水平降低，但在几天之后又上升，因为癌症复发。当个体经过化疗后，融合标志物的水平再次受到抑制，但仍然保留了少量，因为转移到了肝脏。

       研究人员提到，由于大部分在临床上重要的肿瘤都含有DNA重排，PARE方法有望找到患者特异的标志物，用于改善多种癌症的治疗。在目前的研究中，PARE的分析费用约为5000美元，不过随着测序价格下降，以及读取质量和长度改善，这个价格也有望下降。研究小组计划在更多的癌症患者上测试并调整PARE，并最终开发出一种商业化产品。