药物敏感试验的精确度与准确度受多种因素的影响，如细菌的接种量，试验稳定性，培养基的质量和操作员的熟练程度等。培养基批号改变或质量差，及抗菌药物纸片在实验室操作和贮存过程中活性下降或失效是常见的影响因素。
1. 药敏试验质控
按美国CLSI/NCCLS规定，(1)质控菌株应按标准方法与临床标本种分离菌同步进行药敏试验。(2)更换药物或培养基时必须用相应质控菌株测试；(3)所有质控菌株在实行常规监控（一周一次质控）前应连续监测30天。对每种药、每种菌，30次试验种失控结果不能超过3个。如果30天监控结果完全符合上述要求，可转为一周一次质控的方法。只要抑菌环直径超出可接收范围都必须校正。当失控原因不明时，可用相应质控菌株连续监测5天；每种菌对质控中每种抗菌药物同时测试5个抑菌环，如果结果全部达到可接收范围，可恢复一周一次质控。
2. 其它室内质控试验
卫生部临床检验中心细菌室参考美国CLIA88及NCCLS规定，并根据国情制定了药敏试验质量控制要求，三级医院类和二级医院类要求有所不同，规定如下：
1. 每个工作日必做质控（阴性对照及阳性对照）：过氧化氢酶，凝固酶，氧化酶，β-内酰胺酶。
2. 每周必做质控：各类染色。
3. 需用时，带阳性对照做的项目：杆菌肽，ONPG，X、V因子（二级医院类不要求）。
4. 药敏试验质控：三级医院类跟药敏试验每日做，二级医院类每周做一次。
3．微生物自动系统质控
自动或半自动系统试剂，当新仪器启用时、新批号试剂启用时、结果出现问题时都需要做质控，按照厂家说明书指定的标准菌株做相应试剂的质控。特别当新仪器启用时，操作不熟练不稳定，质控的频率应增加。
4、质控菌株的保存
1. 使用中的质控菌应贮存在胰大豆琼脂（非苛养菌）或营养丰富的巧克力琼脂斜面（苛养菌），4-8℃保存，每周传代一次。
2. 长期贮存，可用5%小牛血清肉汤，10%胰大豆肉汤，10%-15%甘油，脱纤维羊血或脱脂牛奶，于-20℃甚至更低温度保存。应以不明显改变菌株原有的抗菌谱为标准。
3. 每次使用前应把菌株传代到相应的平皿上或使其获得单个菌落。
5、抗菌药物纸片的保存
密封包装置于-20℃以下低温或超低温保存。常规使用纸片可从低温取出一周用量。
6．接种菌液浓度准备（需氧菌或兼性厌氧菌）
纸片扩散法：过夜培养的质控菌用生理盐水配制成0.5麦氏单位，菌量约1×108 cfu/mL。
稀释法：将菌液配制成108用多头接种器或加样器在每一浓度梯度的肉汤或琼脂中加入菌悬液，使最终浓度达到：肉汤稀释法为105 /mL，琼脂稀释法为104 /点。
7．贴抗菌药物纸片：每两个纸片中心距离不少于24mm，纸片一旦贴在某一位置上，不应变动位置。贴完纸片的平皿15分钟后再置35℃孵箱培养16-24小时。
8．读数：用游标卡尺量取抑菌环直径，以没有肉眼可见生长物区域为抑菌圈边缘，极其细小菌落生长可以忽略不计。变形杆菌迁徙生长使抑菌环内生长的薄层菌可忽略不计。由于培养基内抗药成分使其对甲氧苄啶和磺胺异恶唑引起的细微生长，生长层小于20%可忽略不计。