《卫生部重点实验室管理办法》表示，划归教育部管辖的原卫生部直属院校，如申报卫生部重点实验室，应当先经其所在省、市卫生厅（局）审核后，然后由省、市卫生厅（局）向卫生部行文。《办法》对申报实验室的条件增加了硬性规定，如重点实验室面积一般不低于2000平方米，重点实验室比较先进的仪器设备一般原值不低于1000万元。。《办法》还提倡省-部共建实验室，重点强调了各实验室所在省、自治区、直辖市的卫生行政部门，卫生部直属单位以及各实验室依托单位保证对实验室项目建设费、运行补助费、开放基金的落实和后勤保障等相关条件的支持。
《卫生部重点实验室评估规则》要求，重点实验室评估采取年度考核与现场评估相结合的原则，每五年评估一次。评估结果分为优秀、良好、较差和差四类。评估结果为“较差”的实验室，需限期整改,整改到期后,卫生部将组织专家重新评估；评估结果为“差”的实验室，将不再列入卫生部重点实验室序列。
卫生部重点实验室从1985年开始建立，目前共有64个。重点实验室是国家卫生科技创新体系的重要组成部分，是国家组织卫生系统高水平基础研究、应用基础研究和应用研究，聚集和培养优秀科学人才,开展学术交流的重要基地。重点实验室的主要任务是根据国家科技工作方针和卫生工作、科技发展趋势及卫生事业发展的需要，在医疗卫生科学技术及卫生管理的前沿领域开展创新性研究，培养创新性人才，构建高水平实验技术平台；其目标是获取具有自主知识产权的创新成果和培养高水平的科技人才，促进医疗卫生科学技术的发展，保护和促进人民的健康。重点实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，实行依托单位领导下的主任负责制，并接受卫生部的评估和考核。（卫生部新闻办公室）
