采集大便标本一般以无菌棉纤拭取粪样，应选择含有粘液、脓液及血液的新鲜大便，置于消毒容器内，并及时送检。同时应注意在发病初期（伤寒病人在发病两周时阳性率高）、未用抗生素之前采集，以提高阳性率。对于痢疾，如无法获得粪便，也可采用直肠拭子，即用灭菌棉纤经生理盐水湿润后，插入肛门内４～５厘米处轻轻转动后取出。葡萄球菌所致的胃肠炎，可取粪便，亦可取呕吐物。结核杆菌培养可取３～５克粪便，用饱和盐水漂浮法等集菌后，再置于试管内进行接种。大便培养方法，根据培养的菌种、菌4不同而有很大差异。这些都是专业性较强的技术问题，这里就不详述了。
大便细菌培养报告一般有两个内容：一是致病原是何4、何菌，明确报告“致病菌是××菌”，属于“××4”。二是药物敏感试验，报告某药对该菌的敏感性。一般分为高度敏感、中度敏感、轻度敏感及抗药四种。虽然药物不是细菌培养的内容，但在临床上一般连在一起做的，主要是为临床用药提供很有用的参考依据。
一般来讲，大便细菌培养的报告是比较可靠的。它对于多种肠道疾病，如细菌性痢疾、伤寒、副伤寒、霍乱、嗜盐菌食物中毒等疾病的诊断和鉴别诊断很有意义。
