原理：经典PCR一般分为扩增和检测两个阶段,常用溴乙锭染色,凝胶电泳为定性检测手段。由于定性实际上就是定量的一种粗约表现，因此只要对检测手段进行改进就可以实现精确定量。荧光标记技术是分子生物学最常用的标记技术，荧光染料或荧光标记物与扩增产物结合后，被激发的荧光强度和扩增产物成正比。而根据扩增原理，扩增是呈指数增长，因此在反应体系和反应条件完全一样下，样本含量应与扩增产物的对数成正比，故在一定的条件下荧光强度和样本含量成正比。
方法1：非特异性染料结合法 利用某些荧光素能和双链DNA结合，结合后的产物具有强的荧光效应。当扩增结束后，随温度的降低，DNA复性成为双链荧光素与之结合，经激发产生荧光，测定荧光强度，通过内标或外标法求出因数，可以准确定量。优点：简单易行，成本较低。缺点：荧光素的结合非特异，荧光素和引物二聚体等有结合，在低样本浓度时影响大，不能进行突变分析和双色分析。
方法2：杂交探针标记法 用荧光素标记在探针上，由探针与靶基因特异性结合成双链而产生荧光效应。上图所示是杂交探针标记法的一种，用两种荧光素标记两对探针。其中一种标记于3`端，一种标记于5`端，同时这两种荧光素其中一种所发荧光恰好是另一种的激发光。当其分散在液体中时，因为距离大，当一种产生的荧光不足以激发另一种的荧光，当与靶基因特异结合后，两者距离很小，故激发出另一种荧光。优点：减少了非特异性误差，可以进行双色分析和突变分析。
优点：定量PCR可以得出准确的定量结果，改变了PCR只用作微量物定性测定的历史，并可进行动态检测和病程疗效分析。同时让质控的建立成为可能，以保证结果的准确性。能对基因突变进行分析。
