在实时定量 PCR 技术中 ， 每个模板的 Ct 值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系，起始拷贝数越多， Ct 值越小。利用已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线，其中纵坐标代表起始拷贝数的对数，横坐标代表 Ct 值。因此，只要获得未知样品的 Ct 值，即可从标准曲线上计算出该样品的起始拷贝数。这是实时定量 PCR 技术的基本原理。
模板的 Ct 值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系这一点可以通过严格的数学推导来证明：
X n =X 0 (1+Ex) n (1)
这里 X n 表示第 n 个循环后扩增产物的量
X 0 表示初始模板量
n 表示循环数
Ex 表示扩增效率，对于特定的扩增反应， Ex 为常数
在扩增产物达到阈值线时：
X Ct =X 0 (1+Ex) Ct =N (2)
其中， X Ct : 荧光扩增信号达到阈值强度时扩增产物的量。在阈值线设定以后，它就是一个常数，我们设为 N 。
方程式 (2) 两边同时取对数得：
lg N=lg X 0 (1+Ex) Ct (3)
整理方程式 (3) 得：
lg X 0 = - lg(1+Ex) × Ct+ lg N (4)
因为 Ex ， lgN 都为常数 , 所以我们说初始模板的对数值与 Ct 值成线性关系。在我们实际应用中，如果做了定量标准样品，软件会给出一个标准曲线，以及标准曲线公式： y=Ax+B. 其中 A 就是公式 (4) 中的
• lg(1+Ex), 即 A= - lg(1+Ex) (5)
这样，我们就可以从 A 值计算出 PCR 反应的扩增效率：
Ex=10 -A - 1 (6)
如果 A= -0.301 ，代入公式可得： Ex=1 ，即扩增效率为 100%.
如果 A= -0.201 ，代入公式可得： Ex=0.589 ，即扩增效率为 58.9%.
这样我们就可以判断是否需要优化反应条件。
另外我们还可以看出定量标准曲线在： y 轴上的截距 B=lg N , B 值与阈值设定直接相关。
