一、 淋巴细胞及其亚群细胞免疫标记
Ｔ细胞亚群：CD3、CD4、CD8，反应细胞免疫功能。
CD3：全T细胞
CD4/CD8升高：自身免疫性疾病，如类风湿性关节炎、SLE。等。
降低：病毒感染、恶性肿瘤、再生障碍性贫血等。
B细胞：CD19、CD20、CD22，与体液免疫功能有关。
TH细胞：TH1、TH2
细胞因子：IFN-γ、IL-4
二、造血系统的分化及白血病抗原标记
70年代前，对造血细胞和免疫细胞分类主要是依据细胞形态学和细胞免疫化学染色的功能测定来进行的。
骨髓是人体的造血器官，血细胞在正常分化成熟过程的不同阶段出现或消失细胞表面抗原，这些抗原是具有一定功能的生物效应分子，它们参与免疫应答和调控作用。
白血病是白细胞在分化到某个阶段受阻后呈克隆性异常增殖的结果，它的发病是多阶段的，不同病因引起的白血病其发病机制不同，利用白细胞分化不同阶段出现的细胞表面标志可以对白血病进行免疫分型。
三、血小板膜表面受体的标记
血小板是巨核细胞分化成熟后，巨核细胞浆裂解脱落的小块细胞质，它的表面富含糖蛋白和一些酶，是血小板表面特异吸附的血浆成分，也是血小板粘着、聚集的反应部位。
目前认为与血小板功能有关的血小板膜受体有2b、3a、2b-3a复合物，FCM检测血小板膜受体，从分子水平诊断血小板功能和数量的异常，能灵敏的从大量血小板中检出2%受体阳性和阴性的血小板。
四、肿瘤基因蛋白产物的免疫标记
恶性肿瘤是一种多基因异常的疾病，它发生的分子基础是原癌基因的激活或抑癌基因的突变失活或缺失，导致某些细胞分化不良和增殖失控而形成肿瘤。
目前发现的癌基因：myc基因族，包括C-myc、N-myc、L-myc；ras基因族，包括N-ras、K-ras、H-ras；另有fos、c-abl等，抑癌基因则是一大类抑制细胞生长，对细胞增殖起负调节作用，并能潜在抑制癌作用的基因，它们有：DCC、NF-1、NF-2、RB、P53、NT、MCC、APC、P16等，某些基因针对某种特定的组织或细胞才有意义，即各种组织来源的癌，应有它特定的癌基因谱或抑癌基因谱，也有组织特异的基因群。
c-erbB-2基因，又称neu基因，该基因通过蛋白产物的过度表达而与人类肿瘤发生关系，该基因定位于染色体17q21，它的过量表达除了与肿瘤的发生有关外，还与肿瘤的复发转移和预后不良有关。
myc基因，该基因家族包括c-myc、N-myc、L-myc，定位于8号染色体上，它的高表达促使转化细胞恶性繁殖进入肿瘤临床期，在慢性胃炎、肠化生和异型增生粘膜中表达也有增高，表达强度与炎症程度有关。
Ras基因包括H-ras、N-ras、K-ras，每个均编码一个21Kpa的蛋白，又叫做P21，在乳腺癌、胃癌中表现为P21蛋白的过度表达。
P53基因位于染色体17P13，可分为野生型和突变型，P53基因属于抗癌基因，它可抑制ras基因和myc基因协同作用引起的细胞转化，突变型P53则失去这一作用，文献报道，多种恶性肿瘤都有P53基因的缺失或点突变。
FCM利用抗癌基因蛋白产物的单克隆抗体对基因蛋白的表达进行研究，从分子水平推动了恶性肿瘤的发生机制的研究进展。
五、FCM在AIDS病检测中的应用
人类感染HIV后，HIV主要选择地侵入人类具有重要免疫功能的T淋巴细胞亚群中的T辅助性细胞（即Th细胞CD3+CD4+ 细胞），使具有重要免疫功能的T细胞群破坏，相继累及全身免疫功能器官，使全身免疫状态下降。
免疫指标：T淋巴细胞总数减少（正常65-81%）
T细胞亚群比值倒置，Th/Ts<1.0（正常1.3-2.1:1）
Th细胞(CD4+细胞)绝对计数<200个/ml
Ts细胞增高，NK细胞减少或活力下降，B淋巴细胞群则在正常范围。
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